Ołtarz główny thumb|150px|Obraz Zdjęcie z krzyża Artusa Wolfforta Wczesnobarokowy ołtarz główny pochodzi z 1642 r. Najcenniejszym jego elementem jest obraz namalowany przez flamandzkiego malarza Artusa Wolfforta (przez długi czas podejrzewano, że pochodzi z warsztatu Rubensa) – Zdjęcie z krzyża (obraz został namalowany w 1629 lub 1639 r.). Wyżej umieszczony jest obraz przedstawiający stygmatyzację św. Franciszka. Boczne części ołtarza podtrzymywane są od dołu przez cztery rzeźby aniołów. W nich umieszczono figury świętych: Wojciecha i Stanisława, wyżej Piotra i Pawła oraz aniołów z narzędziami męki pańskiej. Całość zdobi wiciowy ornament.
Stalle W prezbiterium umieszczone są bogato intarsjowane stalle. Wykonane zostały w 1641 r. przez bernardyna z Poznania, brata Hilariona. Należą one do najciekawszych tego typu zabytków znajdujących się w Polsce. Ławy zakonne zdobione są szlachetną i trudną techniką intarsji, polegającą na wykładaniu odpowiednio wyciśniętych powierzchni drewnianych innymi gatunkami drewna, w innym kolorze. Wycinając ten sam ornament równocześnie w drewnie ciemnym i jasnym można uzyskać dwa identyczne motywy w różnych tonacjach (efekt pozytywu i negatywu). Motywem zdobiącym są ornamenty roślinne, groteski, wazony, ptaki i profile ludzi. Pomiędzy nie wpleciono sceny z polowań.