Przez cały XI w. ziemia kłodzka było terenem uporczywych walk między Piastami a Przemyślidami. W 1003 r. Kłodzko zostało opanowane przez Bolesława Chrobrego. Na przełomie XI/XII walczyli o te tereny ze sobą książęta czescy. W 1114 r. gród został zdobyty przez księcia Sobiesława I przez podpalenie, który już jako władca Czech dokonał jego odbudowy. Zawarł on także w 1137 r. pokój zielonoświątkowy z Bolesławem Krzywoustym, który potwierdził przynależność ziemi kłodzkiej do Czech.
W 2. połowie XII w. położone u stóp kasztelańskiego zamku, w północno-zachodniej części starego miasta podgrodzie zaczęło przekształcać się w osadę o charakterze rzemieślniczo-targowym, która zamieszkiwana była przez ludność słowiańską. Z kolei rejon obecnej ul. Łukasińskiego (na północ od rynku) kolonizowany był przez Niemców.
Kolonizacja niemiecka wzmogła się po przybyciu w 1169 r. do Kłodzka joannitów, którzy przejęli stary kościółek zwany pogańskim nad wschodnim urwiskiem Góry Zamkowej, a w 1183 r. objęli swoją opieką drugi pod wezwaniem św. Wacława w rejonie ul. Czeskiej. W pobliżu ul. Ząbkowickiej ulokowali swoją komturię, kościół i szpital.