Historia Blue Shift rozpoczyna się w sposób podobny do oryginalnego Half-Life. Główny bohater, Barney Calhoun, przemieszcza się systemem kolei, która prowadzi przez zabudowania tajnego ośrodka badawczego Black Mesa Research Facility do miejsca, w którym ma rozpocząć swoją codzienną służbę. Po zameldowaniu się przełożonym, otrzymuje on polecenie asystowania grupie pracowników ośrodka podczas naprawy zepsutej windy. W tym samym czasie, w pobliskim Laboratorium Materiałów Anomalnych, ma miejsce nieudany eksperyment z udziałem Gordona Freemana, który doprowadza do „kaskady rezonansowej” oraz otwarcia portalu między wymiarami, umożliwiającego teleportowanie się na Ziemię obcych, wrogich ludziom istot. W wyniku powstania „kaskady rezonansowej” zniszczeniu ulega znaczna część kompleksu, a winda, w której znajduje się Calhoun zostaje uszkodzona i razem ze swoimi pasażerami spada w najniższe poziomy Black Mesy.
Calhoun odzyskuje świadomość na dnie szybu, gdzie okazuje się, że jako jedyny przeżył upadek windy. Po krótkich oględzinach miejsca katastrofy, rozpoczyna podróż w kierunku powierzchni, której celem jest ucieczka ze zniszczonego ośrodka.