Filip zwołał latem 1303 r. sąd nad Bonifacym, na który zawezwano również papieża (który się nie stawił). Król wysłał zatem więc swojego zaufanego doradcę Wilhelma Nogareta z 1600 zbrojnych, by aresztował papieża. Bonifacy uciekł z Rzymu do rodowego pałacu Gaetanich na skale Anagni, ale i tam dopadł go Nogaret. Legista zażądał ustąpienia Bonifacego, na co papież zdecydowanie odmówił. Bonifacy został uratowany przez mieszkańców, którzy wypędzili Nogareta. Wkrótce potem papież powrócił do Rzymu, jednak w wyniku słabości psychicznej i fizycznej, zmarł 12 października. Pochowano go w krypcie bazyliki św. Piotra. mały|Grób Bonifacego VIII w Grotach Watykańskich Podczas rokowań prowadzonych przez Filipa IV i Klemensa V, król Francji wysunął wobec papieża żądania. Trzy z pięciu z nich były pokłosiem zamachu z Anagni, były to: kanonizacja Celestyna V, spalenie szczątków Bonifacego VIII oraz zdjęcie z Wilhelma Nogareta ekskomuniki. Papież odrzucił wówczas je wszystkie, zgadzając się jedynie na wszczęcie śledztwa, które miałoby zweryfikować zarzuty stawiane Bonifacemu, zarzuty, w które sam powątpiewał nazywając swojego poprzednika „dobrym człowiekiem i katolikiem”Alain Demurger, Templariusze. Proces 1307–1314,Wydawnictwo Astra: Kraków 2018, s. 137..