W roku 1298 wydał trzecią część korpusu prawa kanonicznego Sextus. Papieżowi groził także bunt ze strony rodu Colonnów. Poparli oni wprawdzie jego kandydaturę na konklawe, jednak wkrótce rozczarowali się jego autokratycznymi rządami i zaczęli rozsiewać oszczerstwa przeciw Bonifacemu (oskarżali go o nielegalne objęcie Stolicy Piotrowej oraz o zamordowanie swojego poprzednika).
W roku 1302 Bonifacy wydał bullę Unam Sanctam, w której zawarł fundamentalne poglądy dla przyszłości Kościoła: niezależność władzy świeckiej od duchowej jest herezją manichejską; poza Kościołem katolickim nie ma zbawienia ani odpuszczenia grzechów; jeśli władza ziemska błądzi, powinna być osądzona przez władzę duchową, a jeśli najwyższa władza duchowa błądzi, jej sędzią może być tylko Bóg, nie człowiek; posłuszeństwo biskupowi Rzymu jest konieczne do osiągnięcia zbawienia. mały|Bonifacy VIII Bulla wywołała furię Filipa IV. Oskarżył on Bonifacego o nadużycia seksualne (m.in. biseksualizm i pedofilię), bluźnierstwa (Eucharystia miała być dla niego tylko „mąką i wodą”, niewiara w życie pozagrobowe, konszachty z diabłem, twierdzenie, iż grzechy cielesne nie są grzechami), zamordowanie Celestyna V, kupczenie godnościami kościelnymi, jedzenie mięsa w okresie postu, uzurpację urzędu papieskiego i herezję.