II wojna światowa W czasie II wojny światowej wraz z dojściem Armii Czerwonej do rzeki Dniepr, Flotylla została ponownie sformowana z dniem 14 września 1943 roku na bazie Flotylli Wołżańskiej. Prowadziła bojowe działania od 20 października 1943 roku do wiosny działając na rzekach: Dniepr, Berezyna, Prypeć, Bug, Wisła, Odra, Sprewa. Razem z wojskami lądowymi brała udział w walkach na Ukrainie, Białorusi, w Polsce oraz w Niemczech. Okręty zabezpieczały flanki wojsk oraz forsowanie rzek, wysadzały desanty, niszczyły przybrzeżne ogniowe punkty i forty przeciwnika, przewoziły wojska i ładunki wojskowe. Wykonując po wodnych drogach Polski i Niemiec trudny 500-kilometrowy przemarsz, Flotylla brała udział w szturmie i zdobyciu Berlina, wykonując wsparcie ogniowe, a także zabezpieczając forsowanie rzek i kanałów.