Latem 2011 Aguilar, w zamian za sumę trzech milionów dolarów oraz karty zawodnicze Juana Carlosa Silvy i Enrique Esquedy, przeszedł do drużyny Club América z siedzibą w stołecznym mieście Meksyk. Tam od razu został podstawowym zawodnikiem drużyny i w wiosennym sezonie Clausura 2013 wywalczył z nią swoje drugie mistrzostwo Meksyku, mając wówczas niepodważalną pozycję w wyjściowej jedenastce. Pół roku później, podczas jesiennych rozgrywek Apertura 2013, osiągnął natomiast z ekipą prowadzoną przez Miguela Herrerę tytuł wicemistrzowski, zaś w sezonie Apertura 2014 zanotował kolejne mistrzostwo Meksyku, wciąż będąc kluczowym ogniwem defensywy. W 2015 roku zajął drugie miejsce w krajowym superpucharze – Campeón de Campeones, zaś w 2015 roku czwarty raz w karierze wygrał najbardziej prestiżowe rozgrywki Ameryki Północnej – Ligę Mistrzów CONCACAF. Wziął również udział w swoich czwartych Klubowych Mistrzostwach Świata, plasując się na nich z Américą na piątej lokacie. W 2016 roku drugi raz z rzędu, a piąty ogółem triumfował w północnoamerykańskiej Lidze Mistrzów.