Ostatni, konwojowany przez Żandarmerię pociąg z Helu odjechał 31 sierpnia 1939 roku, udając się przez Kościerzynę do Warszawy. Następnego dnia, 1 września 1939 roku, Niemcy bez wypowiedzenia wojny zaatakowały Polskę.
Morscy żandarmi brali czynny udział w obronie baz morskich w Gdyni i Helu, kapitulując dopiero razem z obrońcami. W trakcie walk pełnili służbę ochronną zabezpieczając dowództwa jednostek, służbę wojskowo-policyjną: patrolowali osiedla, kontrolowali osoby, zatrzymywali dezerterów i oddawali ich do dyspozycji prokuratora wojskowego. Pełnili też służbę sądowo-policyjną, prowadząc dochodzenia. W pierwszym tygodniu walk 2 Morski Pluton Żandarmerii miał do czynienia z takimi m.in. sprawami: samowolne oddalenie ze stanowiska pozycyjnego, dezercja z pola walki, maruderstwo, kilka wypadków włamań do mieszkań prywatnych połączonych z ich plądrowaniem.
W trakcie walk na Helu żandarmi byli też przeznaczeni do akcji w nieprzewidzianych wypadkach, np. organizowali pomoc rannym. Patrole żandarmerii również dbały o bezpieczeństwo podczas wymontowywania dział i broni maszynowej ze zbombardowanych okrętów.