Ponieważ większość wyższych oficerów pancernika odmówiła udziału w uroczystości, jego dowódca wysłał na dwór cesarski kilku kadetów, w tym Nimitza. Na przyjęciu Nimitz poznał osobiście zwycięskiego admirała Togo. To pierwsze i jedyne spotkanie wywarło duże wrażenie na młodym kadecie, który już do końca żywił wobec niego wielki szacunek. Znamiennym przykładem jest fakt, że po zakończeniu wojny na Pacyfiku admirał rozkazał ustawić warty przy pancerniku-muzeum „Mikasa”, który w bitwie pod Cuszimą pełnił rolę okrętu flagowego. Miało to zapobiec grabieży pamiątek, których zaczęły się dopuszczać amerykańskie wojska okupacyjne. We wrześniu 1906 został przeniesiony na krążownik USS „Baltimore”, na którym pełnił służbę aż do otrzymania pierwszego oficerskiego awansu.
Awans otrzymał 31 stycznia 1907 i zbiegł się on z powierzeniem Nimitzowi pierwszego samodzielnego dowództwa okrętu – eks-hiszpańskiej kanonierki USS „Panay” (PR-5). Niedługo potem admiralicja powierzyła 22-letniemu podporucznikowi objęcie dowodzenia niszczycielem USS „Decatur” (DD-5). Jak na ówczesne warunki był to awans błyskawiczny.