W III wieku na terenie królestwa Meroe pojawiły się plemiona Nuba, od których pochodzi dzisiejsza nazwa Nubii.
Chrystianizacja Pod koniec III wieku do Nubii przybyli Nobadowie, nazywani również Grupą-X, których pochodzenie nie jest do końca wyjaśnione. Nobadowie toczyli walki z plemieniem Blemiów zakończone ostatecznym zwycięstwem za czasów króla Silko w drugiej połowie V wieku. Założyli królestwo Nobatię a ok. 540 królowie nobadyjscy przyjęli chrześcijaństwo i Nubia stopniowo ulegała chrystianizacji.
W VI wieku na terenie Nubii znajdowały się trzy królestwa: Nobatia ze stolicą w Pachoras, Makuria ze stolicą w Dongoli i Alodia ze stolicą w Sobie. Królestwa przeszły na chrześcijaństwo w latach 543–575, przystosowując dawne świątynie dla potrzeb nowej wiary i wznosząc nowe.
Islamizacja Najazdy Arabów w VII wieku spowodowały izolację Nubii od innych krajów chrześcijańskich. Jednak samo wyparcie chrześcijaństwa przez islam nastąpiło dopiero między XIV a XVI wiekiem, kiedy to terytorium Nubii zostało podbite przez muzułmanów.