Obraz o identycznej tematyce i niemal identycznej kompozycji malował w tym czasie uczący się u Perugina młody Rafael Santi – porównując oba dzieła widzimy, jakie genialne innowacje wnosił do malarstwa Rafael, a których już nie przyswoił sobie konserwatywny Perugino. Lekkość i giętkość ruchów, naturalność postaci na obrazie Rafaela kontrastują z zastygłymi twarzami i gestami w wartościowym i interesującym, lecz należącym już do odchodzącej epoki dziele Perugina.
Według Giorgia Vasariego Michał Anioł publicznie określił go jako „gaffo nell’arte” (niezdarnego w sztuce). Perugino poczuł się tak urażony, że chciał mu wytoczyć proces, ale ostatecznie do tego nie doszło.
Wybrane dzieła thumb|Archanioł Michał (ok. 1499) thumb|Zaślubiny Marii (ok. 1504) thumb|Wręczenie kluczy świętemu Piotrowi (1480-82) Apollo i Marsjasz – 1491, 39 × 29 cm, Luwr, Paryż Archanioł Michał – ok. 1499, 126 × 58 cm, National Gallery w Londynie Archanioł Rafał z Tobiaszem – 1496-1500, 193 × 56 cm, National Gallery w Londynie Autoportret – 1500, 40 × 30,5 cm, Palazzo dei Priori, Perugia Chrzest Chrystusa – 1480, fresk, 340 × 55 cm, Kaplica Sykstyńska, Watykan Madonna z Dzieciątkiem – ok.