Tarcza pokryta jest po stronie grzbietowej płytkami szkieletu wewnętrznego, z których część leży poniżej grubej skóry.
Po stronie brzusznej, również niepozbawionej szkieletu, zbudowanego z masywnych płytek zwłaszcza w pobliżu otworu gębowego, promieniście rozłożonych, znajduje się płytka madreporowa, powstała z jednej z płytek kompleksu okołogębowego.
Kolory ciał wężowideł są rozmaite. Spotyka się osobniki czarne, białe, brązowe, niebieskie, czerwone. Zdobią je kropki i paski. W 1984 Hendler opisał zmiany barwy u czterech karaibskich gatunków z rodzaju Ophiocoma. Zmiany te wiązały się z rytmem dobowym. Ophiocoma wendti za dnia ubarwiona jest ciemnobrązowo, w nocy zaś przybiera szarość i czerń. Zmiany te zachodzą dzięki chromatoforom w powłokach ciała, niezależnie od ośrodkowego układu nerwowego.
Prócz zabarwienia powłok ciała niektóre wężowidła wykazują bioluminescencję.
Układ nerwowy Układu nerwowego wężowideł nie można określić dobrze rozwiniętym. Jako jego najważniejsze składowe wymienia się okołogębowy pierścień nerwowy oraz nerwy promieniowe, które przebiegają w ramionach.
Mówić można o częściach ektoneuralnej i endoneuralnej układu nerwowego, które jednakowoż leżą blisko siebie.