Budowa ciała thumb|left|Ophionereis reticulata Na pierwszy rzut oka wężowidła przypominają rozgwiazdy. Ciało wężowideł jest spłaszczone w kierunku oralno-aboralnym. Najbardziej ogólnie wyróżnia się w nim tarczę centralną położoną w środku okrągłego, bądź pięciokątnego kształtu, oraz odchodzące od niej wydłużone ramiona, w przekroju cylindryczne. Odchodzą one od tarczy centralnej promieniście. Najważniejsze narządy znajdują się w tarczy centralnej. Osiąga ona od kilku, około 3 mm, do kilku, rzadziej kilkunastu cm średnicy. Wedle Stöhr i innych (2012) nie przekracza ona 15 cm. Wedle Preslera u Gorgonocephalidae może ona mieć nawet aż 70 cm. Na stronie brzusznej, oralnej, znajduje się otwór gębowy, stronę przeciwną zwie się aboralną.
Budowa wewnętrzna charakteryzuje się niewielką celomą. Szkarłupnie posiadają 3 układy kanałów: hemalny, pseudohemalny i ambulakralny.
Powłoka ciała thumb|left|Ophiarachna incrassata Powłokę buduje wierzchni nieorzęsiony naskórek skrywający głębszą tkankę łączną. W przypadku tarczy podściela ją nabłonek perytonealny.
Powłoki ciała zawierają wapniowe elementy szkieletu.