Pełną listę prac Williego Henniga opublikował anonimowo w 1978 roku jego syn Wolfgang.
Dorobek naukowy Paleoentomologia Pierwsze prace o pozostałościach owadów uwięzionych w bursztynie Willi Hennig opublikował w latach 1938–1939 i od tej pory chciał dokładniej zbadać te skamieniałości. Po wyjeździe z Berlina w 1963 roku, odcięty od berlińskich bibliotek i kolekcji, postanowił powrócić do badania wymarłych owadów. Dowiedział się, że zbiór skamieniałości z Królewca przeniesiono do Getyngi. Profesorowie Adolf Seilacher i pomagali Hennigowi w poszukiwaniu okazów, a także udostępnili je do badań. W latach 1964–1972 Hennig opublikował siedemnaście prac na temat różnych grup muchówek z bałtyckiego bursztynu.
W poszukiwaniu bursztynu do badań dotarł do libańskiego bursztynu, wówczas wciąż uważanego za niezawierający skamieniałości. Dzięki współpracy Wydziału Badań Filogenetycznych oraz Instytutu Geologiczno-Paleontologicznego w Tybindze Hennig zgromadził największą kolekcję skamieniałości uwięzionych w dolnokredowym bursztynie – wówczas najstarszym znanym geologicznie zawierającym skamieniałości. O owadach z libańskiego bursztynu Hennig opublikował kolejne trzy prace.