Hennig mieszkał w Berlinie Zachodnim i pracował w Niemieckim Instytucie Entomologicznym do powstania Muru Berlińskiego 13 sierpnia 1961 roku. Był krytycznie nastawiony zarówno wobec rządu nazistowskiego, jak i komunistycznego. Tajne służby NRD w 1961 roku planowały akcję mającą skutkować uwięzieniem Henniga.
Z przyczyn osobistych i politycznych Hennig nie chciał przenieść się do komunistycznego Berlina Wschodniego, dlatego przyjął posadę profesora nadzwyczajnego Uniwersytetu Technicznego w Berlinie. Wkrótce potem zaproponowano mu stanowisko szefa wydziału badań filogenetycznych w Miejskim Muzeum Historii Naturalnej w Stuttgarcie, otwartym ad personam. Siedziba wydziału znajdowała się w Ludwigsburgu, 15 km na północ od Stuttgartu. Hennig przyjął ofertę i pracował w Ludwigsburgu do 5 listopada 1976 roku, kiedy w nocy zmarł na zawał serca w wieku 63 lat.
Pochowano go w Tybindze, gdzie był profesorem honorowym. Zostawił żonę Irmę i trzech synów. Po jego śmierci nekrologi i wspomnienia o nim opublikowali m.in.: , George Byers, Donald Colless i Dieter Schlee.