Z powodu kontuzji kostki zmuszony był pauzować przez większość sezonu na kortach ceglanych, w szczególności nie wystąpił w wielkoszlemowym French Open. Zrezygnował także ze startu w Wimbledonie. W sierpniu wygrał swój pierwszy turniej w grze pojedynczej. W finale imprezy w Sopocie pokonał José Acasuso wynikiem 6:3, 6:4. Podczas debiutu w US Open dotarł do drugiej rundy, w której uległ wiceliderowi rankingu, Andy’emu Roddickowi.
W 2004 roku Nadal przyczynił się do triumfu Hiszpanii w rywalizacji o Puchar Davisa – w pierwszej rundzie, w decydującym pojedynku meczu z Czechami wygrał z Radkiem Štěpánkiem. W drugiej rundzie, w meczu z Francuzami, pokonał Arnaud Clémenta oraz, w parze z Tommym Robredo, duet Arnaud Clément – Michaël Llodra. W grudniowym finale zdobył punkt w grze pojedynczej, pokonując Andy’ego Roddicka. Wraz z wygraną Hiszpanii w tych rozgrywkach Nadal stał się najmłodszym zawodnikiem w historii wchodzącym w skład zwycięskiej drużyny. Sezon zakończył na 51. miejscu w rankingu.