Pierwsze sukcesy w turniejach rangi ATP World Tour zaczął w odnosić w 2003 roku. W turniejach na nawierzchni ziemnej pokonał utytułowanych rodaków: Carlosa Moyę (w Hamburgu) i Alberta Costę (w Monte Carlo). W swoim debiucie na trawiastych kortach Wimbledonu Nadal doszedł do trzeciej rundy, stając się najmłodszym zawodnikiem od czasów Borisa Beckera, który tego dokonał. W lipcu po raz pierwszy awansował do ćwierćfinału turnieju cyklu ATP World Tour (w Båstad), a dwa tygodnie później do półfinału (w Umag). Grając w parze z Alexem Lópezem Móronem, wygrał tam rywalizację deblistów. W całym sezonie Nadal wygrał dwie imprezy z cyklu ATP Challenger Tour i zakończył go w czołowej pięćdziesiątce rankingu. Otrzymał także nagrodę ATP Newcomer of Year.
W styczniu 2004 roku Nadal dotarł po raz pierwszy do finału imprezy rangi ATP World Tour (w Auckland), gdzie uległ Dominikowi Hrbatemu w stosunku 6:4, 2:6, 5:7. Podczas debiutu w wielkoszlemowym Australian Open doszedł do trzeciej rundy, gdzie nie sprostał reprezentantowi gospodarzy Lleytonowi Hewittowi. W marcu podczas imprezy z cyklu ATP Masters Series w Miami po raz pierwszy spotkał się z Rogerem Federerem. Hiszpan pokonał lidera rankingu 6:3, 6:3.