12 maja 1666 roku trybunał lubelski skazał Skrzetuskiego i czterech innych oficerów na infamię za rabunki jakich dokonali w grudniu 1665 w miasteczku Bazalia i pobliskich folwarkach.
W 1667 roku próbował siłą zmusić do ślubu podkomorzankę bełską Zofię Zawadzką, która w tydzień po napadzie została żoną Jana Wilczkowskiego, stolnika kijowskiego. 22 sierpnia 1667 została zawarta we Lwowie umowa, na mocy której poszkodowani mieli otrzymać w pieniądzach wynagrodzenie szkód, a Skrzetuski miał dobrowolnie odbyć karę dwutygodniowego więzienia w wieży zamku lwowskiego. W 1668 roku trybunał lubelski skazał go zaocznie na infamię za napad na dom Zofii Zawadzkiej. Pod koniec życia wisiało nad nim kilka wyroków sądowych. Do wykonania kary nie doszło, ponieważ pozostawał pod jurysdykcją hetmańską.
Legenda Wyczyn zbaraski Skrzetuskiego przeszedł do historii, był sławiony w utworach poetyckich, listach z frontu i pamiętnikach (m.in. Jakuba Łosia i Samuela Twardowskiego). Bohater był jednak na ogół wymieniany bez imienia, a nazwisko było zniekształcane, dlatego identyfikacja właściwego Skrzetuskiego nie była łatwa. O Mikołaju Skrzetuskim pisał w 1701 roku Kazimierz Ceypler w wierszu poświęconym rodzinie Skrzetuskich. Precyzyjnie jego imię i nazwisko podają źródła sądowe.