W 1961 ożenił się z Isabelą Martinez.
W wyborach prezydenckich w marcu 1973 poparł Héctora José Cámpora. Polityk był kandydatem wiernej Perónowi Partii Justycjalistycznej. Cámpora wygrał wybory, zyskując 49,5% głosów. Perón powrócił do kraju 20 czerwca 1973. W starciach, jakie wybuchły wtedy pomiędzy jego zwolennikami a służbami zginęło kilkaset osób. Narastająca przemoc i wycofanie poparcia Peróna zmusiły Cámporę do rezygnacji. 23 września 1973 roku odbyły się kolejne wybory. Perón zdobył w nich 61,9% głosów. Wiceprezydentem kraju została jego żona Isabela. W czasie ostatniej prezydentury prezentował o wiele bardziej prawicowe poglądy niż w latach 1946–1955. Na początku 1974 kraj znalazł się w stanie gospodarczej zapaści. Reakcją Peróna na kryzys były kolejne zagraniczne pożyczki. Wraz z malejącym poparciem jego rządy stawały się coraz bardziej represyjne. Zakazał protestów, a opozycję poddał represjom.