Pierwotnie prawie całą powierzchnię poszczególnych płaskowyży porastały rzadkie lasy dębowo-grabowe, często o charakterze lasostepu, dziś już w znacznej części zanikłe. Oprócz dębów i grabów rosły w nich m.in. takie gatunki, jak klon tatarski czy jesion mannowy. Towarzyszyły im wielogatunkowe zarośla z leszczyną, tarniną, głogami, kilkoma gatunkami róż i in. Na mniejszych powierzchniach w północnej części Krasu spotkamy płaty buczyn. Na stromych, trudno dostępnych stokach południowych dominuje dąb omszony, zaś w głębokich, wilgotnych wąwozach spotkamy jodłę i świerk. Z czasem znaczna część powierzchni Krasu Słowacko-Węgierskiego została odlesiona i wykorzystywana była jako pastwiska, głównie dla młodego bydła. Obecnie, w związku z ograniczeniem wielkości hodowli, część z tych łąk ponownie zarasta.
Fauna Bogata jest również fauna Krasu, w której dominują gatunki charakterystyczne dla ciepłych wyżyn i lasostepów. Nie spotkamy tu wielkich drapieżników, bogata jest natomiast fauna drobnych ssaków, wśród których wyróżniają się liczne gatunki nietoperzy. Bardzo bogata jest awifauna, w której wyróżnia się szereg rzadkich gatunków ptaków drapieżnych. Wśród płazów i gadów spotkamy tu kilka gatunków charakterystycznych dla południowej Europy.