Mieli zacząć ich szukać po ślubie Billa z Fleur.
Szukanie horkruksów (wrzesień 1997 do maja 1998) Granger wyruszyła razem z Harrym i Ronem na poszukiwanie horkruksów. Zmodyfikowała swoim rodzicom pamięć by ich chronić i aby nie mogli wyjawić śmierciożercom żadnych informacji o „wybrańcu”. Jako Wendell i Monika Willkins, byli bezdzietnym małżeństwem, których życiową ambicją była przeprowadzka do Australii. Dziewczyna dostała w spadku od Albusa Dumbledore’a książkę Baśnie barda Beedle’a. Przeczuwała, że stanie się coś złego, dlatego w przeddzień ślubu Fleur i Billa spakowała wszystkie potencjalnie użyteczne rzeczy do magicznej torebki bez dna. Po upadku ministerstwa, razem z Harrym i Ronem uciekli na Grimmauld Place 12. Tam też dowiedzieli się kim jest „R.A.B”, który podmienił horkruks – medalion Slytherina – na fałszywy przed misją Harry’ego i Dumbledora. Stworek – skrzat domowy Blacków – stał się przez to dla nich milszy gdy opowiedział im o Regulusie a oni dali mu kilka jego rzeczy. Cała trójka dowiedziała się, że Mundungus Fletcher zabrał prawdziwy medalion i został zmuszony do oddania go Umbridge. Zdołali go odbić z jej rąk, włamując się do ministerstwa magii, za cenę porzucenia Grimmauld Place. Przez kilka miesięcy dziewczyna mieszkała z Harrym i Ronem w namiocie, przeprowadzając się co jakiś czas.