Była pomysłodawczynią Gwardii Dumbledore’a, gdzie po raz pierwszy wypowiedziała nazwisko Voldemorta. Było to stowarzyszenie uczniów służące praktycznej nauce obrony przed czarną magią. Działało poza wiedzą Ministerstwa Magii, inwigilującego wówczas Hogwart w osobie Dolores Umbridge, uczącej tylko teorii. Hermiona bardzo dużo uczyła się podczas piątego roku, aby jak najlepiej wypaść podczas Standardowych Umiejętności Magicznych – sprawdzianów praktycznych i teoretycznych z pięcioletniej nauki w Hogwarcie. Nakłaniała też do nauki Harry’ego i Rona. Została potraktowana czarnoksięskim zaklęciem, którego formuły nie było w książce, podczas walki ze śmierciożercami w Departamencie Tajemnic.
Szósty rok nauki (wrzesień 1996 do czerwca 1997) W lipcu dziewczyna otrzymała informacje o wynikach SUM-ów. Ze wszystkich przedmiotów otrzymała „wybitny” – oprócz obrony przed czarną magią, z której miała „powyżej oczekiwań”. W szóstej klasie zaczął jej się podobać z wzajemnością Ron. Była zazdrosna, kiedy zaczął się spotykać z Lavender Brown. Odkryła, że matką Severusa Snape’a była Eileen Prince. Po śmierci dyrektora Hogwartu razem z Ronem i Harrym zdecydowała się wyruszyć na poszukiwania horkruksów.