Jako tamtejszy dowódca rezerwowej armii wewnętrznej, przygotowywał utworzenie niemieckiej organizacji partyzanckiej Werwolf.
19 sierpnia 1944 Stroop z polecenia Himmlera zastrzelił naczelnego dowódcę Frontu Zachodniego Günthera von Klugego, pozorując jego samobójstwoRelacja Stroopa:Kazimierz Moczarski, Rozmowy z katem, Warszawa 1985, s. 378–381, ..
W 1945, gdy III Rzesza chyliła się już ku upadkowi, Heinrich Himmler polecił Stroopowi zorganizować obronną twierdzę SS w Alpach. Stroop został jednak aresztowany 8 maja 1945 przez Amerykanów.
Proces i śmierć thumb|upright|Jürgen Stroop przed polskim sądem (1951) W 1947 przez amerykański trybunał wojenny został skazany na karę śmierci w tzw. Fliegerprozessen za wydanie rozkazu mordowania zestrzelonych lotników alianckich na swoim terenie (nigdy nie przyznał się do winy). Wyroku nie wykonano, gdyż Stroop został przekazany Polsce i osądzony za wcześniejsze zbrodnie popełnione na ludności polskiej i żydowskiej (zwłaszcza za likwidację getta warszawskiego). Wobec niepodważalnych dowodów zbrodni Sąd Wojewódzki w Warszawie wyrokiem z lipca 1951 skazał Stroopa na karę śmierci przez powieszenie (w tym samym procesie skazany na karę śmierci został Franz Konrad, a jednym z prokuratorów był Leon Penner).