Raportu Stroopa Za skutecznie przeprowadzoną likwidację getta, Stroop został odznaczony Krzyżem Żelaznym I klasy.

Od września 1943 działał w Grecji, bezpośrednio w trakcie przejęcia terenu Grecji z okupacji włoskiej przez Niemców po ogłoszeniu 8 września 1943 zawieszenia broni Włoch z aliantami zachodnimi. Jako Wyższy Dowódca SS i Policji (HSSPF) w Atenach zreorganizował grecką administrację policyjną i przeprowadził deportację kilkunastu tysięcy greckich Żydów do obozu zagłady Auschwitz-Birkenau i (kilka tysięcy) do obozu w Warszawie. W tym okresie Stroop nominowany został do stopnia SS-Gruppenführera.

Od listopada 1943 do marca 1945 pełnił funkcję Dowódcy SS i Policji w Wiesbaden (jego rejon – Rhein-Westmark – obejmował ówczesne okręgi: Westmark, Moselland i Hessen-Nassau). Pod koniec tego okresu, ze względu na chaos wywołany przez zbliżający się od zachodu front, był faktycznym dyktatorem tego rejonu. Jego zadaniem było zabezpieczenie zachodnich ziem Rzeszy i stacjonującej tam armii rezerwowej.