Również w 1959 r. rozpoczął się proces przyznawania Cyprowi niepodległości. Jednak skomplikowany system uruchomiony w celu ochrony praw ludności greckiej i tureckiej zawiódł, i szybko stał się przyczyną wielu problemów Wielkiej Brytanii, która była gwarantem cypryjskiej niepodległości.
Rząd Macmillana jako pierwszy rząd brytyjski złożył podanie o członkostwo w EWG. Stało się to w 1962 r. Dwa lata wcześniej Wielka Brytania była jednym z członków założycieli Europejskiego Stowarzyszenia Wolnego Handlu. Po długich negocjacjach kandydatura brytyjska została ostatecznie zawetowana przez Francję.
Dymisja i ostatnie lata życia Porażka w staraniach o członkostwo w EWG poważnie odbiła się na pozycji Macmillana. Kolejnym ciosem była afera Profumo, która wybuchła w 1963 r. i dotyczyła ministra wojny, Johna Profumo, który w 1961 r. nawiązał romans z showgirl, Christine Keeler. Później okazało się, że innym kochankiem Keeler był attaché wojskowy ZSRR, Jewgienij Iwanow. Profumo na forum Izby Gmin zaprzeczył, aby związek z Keeler miał seksualny charakter, jednak późniejsze publikacje prasowe zmusiły go do przyznania się do kłamstwa.