W 1882 British Medical Association przyznała mu Stewart Prize, za jego badania nad chorobami zakaźnymi. W tym samym roku otrzymał urlop zdrowotny. 13 lipca 1888 przeszedł w stan spoczynku, otrzymując honorowe tytuły „Honorary Deputy Surgeon-General” i „Honorary Surgeon to the Queen”. Przed opuszczeniem Indii przeznaczył sumę 10000 rupii na fundusz imienia gubernatora Reaya, z którego miały być finansowane wykłady z fizjologii na bombajskiej uczelni.
W 1890 ożenił się z młodszą o 25 lat Mary Robinson. Mieli dwójkę dzieci, Henry′ego Robinsona Cartera i Mary Margaret Carter. Henry Vandyke Carter zmarł w 1897 roku na gruźlicę, pochowany jest na Dean Road Cemetery w Scarborough w rodzinnym grobie. Nekrologi ukazały się w British Medical Journal i w The LancetLancet 1, s. 1381 (1897).
Do dziś zachował się pamiętnik Cartera, pisany przezeń od 14. roku życia. Babka podarowała mu pamiętnik na urodziny;