Do końca sezonu trenerem klubu był John van ’t Schip, natomiast od sezonu 2012/2013 został zastąpiony przez Australijczyka Johna Aloisi.
W sezonach 2012/2013 i 2013/2014 Melbourne Heart ani razu nie zakwalifikowało się do serii finałowej rozgrywek A-League. W sezonie 2013/2014 klub zakończył zmagania na 10. ostatnim miejscu w sezonie zasadniczym. Ponadto po 12. kolejce sezonu zasadniczego (2013/2014) trener John Aloisi został zastąpiony przez John van ’t Schip.
W styczniu 2014 roku klub Melbourne Heart FC został wykupiony przez spółkę holdingową City Football Group (właściciel m.in.: angielskiego zespołu Manchester City F.C. i amerykańskiego klubu New York City FC) w partnerstwie z australijskim zespołem rugby Melbourne Storm. Decyzja o przejęciu kluby została zatwierdzona przez FFA 23 stycznia 2014 roku. Zmiana nazwy z Melbourne Heart FC na Melbourne City FC została zatwierdzona w dniu 5 czerwca 2014 roku. Razem ze zmianą nazwy drużyny został zmieniony herb i barwy klubowe na błękitne. Od sezonu 2014/2015 klub występuje w rozgrywkach A-League pod nazwą Melbourne City FC.