Oficjalnie FFA 12 czerwca 2009 roku przyznała licencje klubowi Melbourne Heart (nazwa robocza) na występowanie w rozgrywkach A-League od sezonu 2010/2011.
W dniu 2 lutego 2010 roku oficjalnie zostało ogłoszone, że nowy klub będzie nazywał się Melbourne Heart FC oraz został zaprezentowany herb i barwy klubowe (czerwono-białe).
A-League
Pierwszym trenerem w historii klubu został Holender John van ’t Schip, który został zatrudniony w dniu 13 października 2009 roku. Melbourne Heart FC zainaugurował rozgrywki w A-League w dniu 5 sierpnia 2010 roku w domowym spotkaniu przeciwko Central Coast Mariners FC. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem gości w stosunku 0:1. W inauguracyjnym sezonie 2010/2011 klub uplasował się na 8. miejscu w sezonie zasadniczym z dorobkiem 35 punktów i nie uzyskał awansu do serii finałowej rozgrywek. W sezonie 2011/2012 Melbourne Heart zajęło 6. miejsce w sezonie zasadniczym co premiowało klub do występów w serii finałowej rozgrywek. Serię finałową klub Melbourne Heart zakończył na etapie rundy eliminacyjnej. Melbourne Heart uległo zespołowi Perth Glory FC w stosunku 0:3.