Wojna secesyjna W przededniu wojny Bragg, pułkownik milicji stanu Luizjana, został awansowany na generała brygady. Dowodził wojskami wokół Nowego Orleanu aż do 16 kwietnia 1861, mimo że 7 marca uzyskał przeniesienie do świeżo utworzonej armii Konfederacji. Pod egidą Południa sprawował dowództwo nad Departamentem Zachodniej Florydy, uzyskując 12 września stopień generała-majora. Oddziały przez niego wyszkolone miały opinię najbardziej zdyscyplinowanych w całej armii.
Bragg przeniósł swoje siły do Corinthu w stanie Missisipi; jego zadaniem było poprawienie dyscypliny zebranych tam wojsk. Podczas bitwy pod Shiloh dowodził korpusem, atakując wzdłuż drogi zwanej „Gniazdem Szerszeni” (ang. Hornet’s Nest). Po śmierci gen. Alberta Sidneya Johnstona Bragg został mianowany generałem, przejmując dowództwo nad armią Mississippi. Następnego dnia Konfederaci zostali wyparci do Corinthu. Po oblężeniu głównodowodzący armii gen. P.G.T. Beauregard wyjechał z miasta, skarżąc się na zły stan zdrowia. Prezydent Davis poszukiwał kogoś na zastępstwo. W czerwcu 1862 Bragg został mianowany głównodowodzącym armii Tennessee.