Procedurę testową oraz pracę wszystkich systemów nadzorował komputer główny (Main Onboard Computer) o masie 2050 g.
Jedynym instrumentem naukowym na pokładzie Shin'en był detektor promieniowania kosmicznego wykonujący pomiary w ośmiu zakresach energii promieniowania.
Przebieg misji Początek przygotowań do realizacji misji Shin'en miał miejsce w sierpniu 2008 roku. Prace konstrukcyjne zakończono w dniu 18 lutego 2010 r., po czym sonda pomyślnie przeszła szereg testów przedstartowych.
Podczas lotu miała być realizowana zaprogramowana sekwencja testów 6 komputerów dostarczonych przez konkurujące ze sobą zespoły uniwersyteckie. Polegała ona na sekwencyjnym włączaniu co 2 godziny na 5 minut poszczególnych komputerów, których zadaniem było przeprowadzanie analizy obrazu pola gwiazd dostarczanego przez kamerę pokładową. Wygrać miał zespół, którego komputer najdłużej zachowa sprawność w warunkach lotu.
Dużym wyzwaniem miał być odbiór sygnałów z nadajnika sondy przy stale wzrastającej do niej odległości i wykorzystanie ich do ustalenia jej pozycji.