W latach 1999–2001 Szkoła Podstawowa nr 2 i mieszczące się w tym samym budynku nowo utworzone Gimnazjum nr 3 tworzyło zespół szkół. Ponownie zespół szkół istniał w latach 2011–2017. W 2006 r., podczas uroczystości w kościele Podwyższenia Krzyża Świętego, której przewodniczył biskup włocławski Wiesław Mering, gimnazjum otrzymało patrona - Jana Pawła II. W 2011 r. w pobliżu szkoły, przy ul. Dąbrowskiego, oddano do użytku kompleks boisk Orlik 2012, z którego korzystają uczniowie podczas lekcji wychowania fizycznego. 4 kwietnia 2016 r. przebywał w placówce metropolita lwowski Mieczysław Mokrzycki oraz biskup pomocniczy włocławski Stanisław Gębicki, który poświęcili i odsłonili obelisk poświęcony patronowi gimnazjum - umiejscowiony po północnej stronie budynku. 1 września 2017 r. szkoła ponownie stała się ośmioklasowa i powróciła do pierwotnej nazwy.
Adres szkoły: ul. Józefa Poniatowskiego 22, osiedle Kaliskie.
Szkoła Podstawowa nr 3 im. Marii Konopnickiej thumb|250px|Szkoła Podstawowa nr 3
1 września 1919 r. otwarta została, jako jednoklasowa mieszana, Szkoła Podstawowa nr 3 w Kole. Z zamierzenia miała być to placówka dla dzieci wyznania ewangelicko-augsburskiego. Z dniem 31 sierpnia 1922 r. szkoła została zlikwidowana, a młodzież przeniesiono do Szkoły Podstawowej nr 2.