Sezon 2004 Märtin rozpoczął od zajęcia drugiego miejsca w styczniowym Rajdzie Monte Carlo. Przegrał w nim o ponad minutę z Francuzem Sébastienem Loebem. W marcu 2004, w Rajdzie Meksyku Märtin po 7. odcinku specjalnym został liderem i ostatecznie wygrał ten rajd. Była to trzecia wygrana w karierze Estończyka, który na mecie wyprzedził partnera z zespołu Forda, François Duvala i Carlosa Sainza. Także w następnych dwóch rajdach Märtin stawał na podium. W Rajdzie Nowej Zelandii był trzeci za Petterem Solbergiem i Marcusem Grönholmem, a w Rajdzie Cypru po dyskwalifikacji Grönholma zajął ostatecznie drugą pozycję za Loebem. Kolejne trzy rajdy nie były dla Märtina udane. Najpierw nie ukończył Rajdu Grecji z powodu wypadku, a następnie z powodu kłopotów z samochodem był dwudziesty czwarty w Rajdzie Turcji. Z kolei na 5. oesie Rajdzie Argentyny Märtin miał dachowanie i został przewieziony do szpitala na badania, jednak nie odniósł obrażeń. W sierpniowym Rajdzie Finlandii 2004 był drugi. Przegrał jedynie z Marcusem Grönholmem. W Rajdzie Niemiec był czwarty, a w Rajdzie Japonii i Wielkiej Brytanii – trzeci. Kolejne sukcesy Estończyk odniósł w październiku.