Kolejnego rajdu, Rajdu Cypru, nie ukończył jednak z powodu zbyt niskiego ciśnienia oleju, a w lipcowym Rajdzie Niemiec dojechał na piątej pozycji. W sierpniu 2003 wygrał po raz drugi w sezonie. Na metę Rajdu Finlandii przyjechał przed Petterem Solbergiem i Richardem Burnsem. Stał się tym samym pierwszym od 1992 roku zwycięzcą fińskiego rajdu, wywodzącym się spoza Finlandii. We wrześniowym Rajdzie Australii Märtin przejechał 21 odcinków specjalnych. Po 21. został zdyskwalifikowany za nielegalny balast w samochodzie w postaci skały. Estończyk w momencie dyskwalifikacji jechał na czwartej pozycji w klasyfikacji generalnej rajdu. W czterech ostatnich rajdach sezonu Märtin dwukrotnie nie dojechał do mety (Rajd Francji i Rajd Wielkiej Brytanii) i dwukrotnie był trzeci (Rajd Włoch i Rajd Hiszpanii). W klasyfikacji mistrzostw świata za sezon 2003 zajął piątą pozycję. Zdobył 49 punktów.