Ogółem w dziewięciu startach w mistrzostwach świata w sezonie 2001 Märtin zdobył trzy punkty.
2002-2004: Ford thumb|left|Markko Märtin w Fordzie Focusie WRC na odcinku specjalnym Rajdu Cypru 2004 W 2002 roku Märtin został członkiem zespołu Forda. Został w nim trzecim kierowcą obok Hiszpana Carlosa Sainza i Szkota Colina McRae. Swój debiut w Fordzie Focusie WRC zaliczył w styczniu, w Rajdzie Monte Carlo. Zajął w nim dwunastą pozycję. W trzech kolejnych zawodach, w których wystąpił (Rajdzie Korsyki, Rajdzie Katalonii i Rajdzie Cypru) był ósmy. W maju 2002 dojechał na szóstym miejscu w Rajdzie Argentyny, jednak kierowcy teamu Peugeota, Marcus Grönholm i Richard Burns, zostali zdyskwalifikowani i po weryfikacji wyników Märtin zakończył rajd na czwartej pozycji, najwyższej w dotychczasowej karierze. Także w następnych rajdach sezonu 2002 Estończyk zdobywał punkty. W Rajdzie Grecji był szósty, w Rajdzie Safari – czwarty, w Rajdzie Finlandii – piąty, w Rajdzie Niemiec – szósty, a w Rajdzie Sanremo – piąty. W październiku, w Rajdzie Nowej Zelandii, na 14. odcinku specjalnym, uległ wypadkowi i wycofał się z zawodów. Po zajęciu piątego miejsca w Australii Märtin pojechał w ostatnim rajdzie sezonu, Rajdzie Wielkiej Brytanii.