W listopadzie 2000 wystartował w Rajdzie Australii, w barwach fabrycznego teamu Subaru, jednak nie ukończył tych zawodów z powodu awarii skrzyni biegów.
2001: Subaru thumb|Markko Märtin w Subaru Imprezie WRC podczas Rajdu Finlandii 2001 W 2001 roku Märtin podpisał kontrakt z zespołem Subaru, w którym był trzecim kierowcą obok Brytyjczyka Richarda Burnsa i Norwega Pettera Solberga. Pierwszy start Märtina w sezonie 2001 nie był dla Estończyka udany. Odpadł on z zawodów już na pierwszym odcinku specjalnym na skutek awarii układu elektrycznego. Także w kolejnych rajdach Märtin nie zdobywał punktów. W lutowym Rajdzie Szwecji zajął dwunaste miejsce, a trzech kolejnych rajdów, Rajdu Portugalii, Rajdu Katalonii i Rajdu Grecji nie ukończył. Trzeci odcinek specjalny Rajdu Grecji, Inohori 1, był pierwszym wygranym odcinkiem specjalnym w karierze Märtina. Pierwsze punkty w sezonie 2001 Estończyk zdobył w sierpniu. W Rajdzie Finlandii zajął piątą pozycję. Natomiast nie ukończył październikowego Rajdu Sanremo. Na 15. odcinku specjalnym uległ wypadkowi. Jego Subaru najpierw uderzyło w ścianę, a następnie wylądowało na dachu, 50 metrów poniżej drogi. Zarówno Märtin, jak i jego pilot Michael Park nie odnieśli obrażeń. W Rajdzie Korsyki Märtin był piąty, a ostatniego rajdu sezonu, Rajdu Wielkiej Brytanii nie ukończył z powodu awarii silnika.