Ueda stwierdził, że film ten pomógł nakreślić jego wizję i utrzymać zespół na właściwych torach podczas długiego procesu tworzenia gry; użył też tej metody w czasie prac nad kolejną produkcją studia – Shadow of the Colossus.
W celu rozwinięcia swojego pomysłu i wydania gry na PlayStation Ueda rozpoczął w 1998 roku współpracę z producentem Kenjim Kaido. Podczas projektowania estetyki Ico kierowano się trzema kluczowymi ideami: stworzeniem gry odmiennej od innych z gatunku, osiągnięciem estetycznego stylu, który byłby uważany za artystyczny oraz wykreowaniem wyobrażonego, lecz realistycznego środowiska. Osiągnięto to za pomocą „projektowania ubytkowego”; usuwano wszystkie elementy rozgrywki, które kolidowały ze światem gry. Objęło to usunięcie jakiejkolwiek formy interfejsu, skupienie rozgrywki na ucieczce z zamku i zredukowanie przeciwników do tylko jednego rodzaju. Ponadto z początkowych 115 kart z napisami do dialogów do gry trafiło ostatecznie tylko 38 z nich. Wczesny projekt przedstawiał Ico i Yordę stawiających czoło rogatym wojownikom, podobnych do tych, którzy zabrali chłopca do twierdzy. Początkowo gra miała się skupiać na pomaganiu Yordzie przez Ico w powrocie do jej komnaty w zamku po porwaniu jej przez wojowników.