W ucieczce z fortecy przeszkadzają cieniste stwory wysyłane przez Królową. W pewnych częściach zamku lub gdy Yorda zostanie sama, stworzenia te usiłują wciągnąć ją do czarnego wiru. Ico może odpędzać przeciwników, walcząc z nimi patykiem lub mieczem, i w razie potrzeby wyciągnąć dziewczynę z wiru, jeśli nie została całkowicie pochłonięta. Choć stwory nie mogą zranić Ico, gra kończy się w momencie całkowitego wciągnięcia Yordy przez wir lub upadku chłopca z dużej wysokości, a gracz zmuszony jest do wczytania uprzednio zapisanego stanu gry. Punkty zapisu gry reprezentowane są jako kamienne ławki, na których bohaterowie siadają, aby odpocząć. W europejskim i japońskim wydaniu tytułu po pierwszym ukończeniu gry możliwe jest rozpoczęcie rozgrywki w lokalnym trybie kooperacji dla dwóch osób, w którym drugi gracz kontroluje Yordę z tymi samymi ograniczeniami, co jej sterowana przez komputer wersja.