W wyniku tego Ico, mimo próby uratowania go przez Yordę, spada z mostu i traci przytomność.
Po przebudzeniu chłopiec podróżuje na wyższe rejony zamku, znajdując po drodze magiczny miecz, którym może rozpraszać cieniste potwory. Gdy znajduje przemienioną w kamień Yordę, idzie do sali tronowej, by stawić czoła Królowej. Mówi mu ona, że zatrzymuje córkę w zamku, ponieważ chce przedłużyć własne życie, tak jak wcześniej robiła to dzięki wysysaniu życia z więźniów w sarkofagach; teraz chce odnowić swoje życie poprzez opętanie ciała dziewczyny. Ico walczy z Królową, w trakcie czego łamie oba rogi. Za pomocą magicznego miecza udaje mu się zabić przeciwniczkę, lecz po jej śmierci zamek zaczyna się walić, a on sam traci przytomność. Zaklęcie Królowej zostaje zdjęte, a cienista wersja uwolnionej Yordy przenosi Ico do łodzi i wypycha ją w morze, sama pozostając w fortecy. Chłopiec budzi się na brzegu, a nieopodal znajduje leżącą w swojej ludzkiej postaci Yordę. Dziewczyna odzyskuje przytomność na chwilę przed końcem gry.