Fabuła Protagonistą gry jest , młody chłopak, któremu na głowie wyrosła para rogów, co mieszkańcy jego wioski uważają za zły znak. Zgodnie z tradycją zostaje zabrany przez wojowników do otoczonego wodą zamku i zamknięty w krypcie w jednej z kamiennych trumien. Po odejściu wojowników następuje wstrząs, który powoduje naruszenie struktury budowli i pozwala mu na wydostanie się z sarkofagu. Krótko po tym w trakcie przeszukiwania zamku chłopiec napotyka , dziewczynę więzioną w klatce, mówiącą niezrozumiałym dla niego językiem. Ico uwalnia nieznajomą, lecz zostaje ona zaatakowana przez cieniopodobne stwory (dusze innych rogatych dzieci złożonych tam w ofierze) próbujące wciągnąć ją do portalu, z którego się wyłaniają. Pomimo że potwory nie mogą go zranić i może on je tymczasowo odpędzić, nie jest w stanie ich całkowicie pokonać. Przemierzająca fortecę para dociera w końcu do jej bram i mostu prowadzącego na ląd. Gdy chcą przez niego przejść, zjawia się Królowa, władczyni zamku i matka Yordy, która mówi, że dziewczyna nie może opuścić fortecy. Brama zostaje zamknięta, a bohaterowie próbują ją ponownie otworzyć. Gdy im to się udaje, Królowa znów im przeszkadza, niszcząc część mostu.