Dziedzictwo Trudności Ma Yuana w trakcie jego ostatniej kampanii i naturalne osłabienie pozycji rodu Ma po śmierci jego głowy wykorzystał ród Dou, którego przywódcą był Dou Rong. Dou i Ma, którzy wywodzili się z sąsiednich regionów północno-zachodnich Chin, łączyła zadawniona rywalizacja. Jeszcze przed śmiercią Ma Yuana na dworze zaczęto oskarżać go o niekompetencję, a po jego odejściu składane jeden po drugim memoriały zaczęły go oczerniać i oskarżać o korupcję. W rezultacie został on pośmiertnie pozbawiony tytułu markiza i zrównany z gminem, a jego rodzinie zezwolono na jego pogrzeb razem z przodkami dopiero po napisaniu sześciu memoriałów.
Być może dostrzegając że potraktował Ma Yuana niesprawiedliwie, lub chcąc zrównoważyć rosnącą siłę Dou i frakcji z Nanyangu, w 52 Guangwu zgodził się jednak przyjąć córkę Ma Yuana do haremu następcy tronu. Była to przyszła cesarzowa Ma, dzięki której Ma odzyskali swoje wpływy. Cesarz Ming (57–75) nie umieścił portretu Ma Yuana wśród galerii najbardziej zasłużonych sług swojego ojca. Kiedy w 74 zmarła wdowa po nim, naprawił jednak jego grób i postawił świątynię na jego cześć.