Po pokonaniu Wei Ao w 35 Ma Yuan został mianowany namiestnikiem komanderii Lingxi (ze stolicą w Didao, dzis. Lintao), gdzie już wcześniej walczył z Qiangami pod dowództwem generała Lai Xi. Do 37 udało mu się spacyfikować Qiangów, jednak pomimo jego wysiłków tylko niewielka część dawnych chińskich osadników powróciła na pogranicze. W tej sytuacji Ma Yuan osadził na opuszczonych ziemiach wielu pokonanych Qiangów, co zmniejszyło zewnętrzną presję na granicę. W dłuższym czasie trudne współżycie Qiangów i Chińczyków Han przysporzyło jednak wielu kłopotów prowincji Liang.
Ma Yuan doradzał cesarzowi, by ten przywrócił tradycyjną monetę wuzhu, wycofaną przez Wang Manga, i jego argumentacja odegrała decydującą rolę w podjęciu pozytywnej decyzji w tym zakresie przez Guangwu. W 41 został wysłany do stłumienia rebelii Li Guanga w Lujiang. W 42 natomiast udał się na południe, z misją spacyfikowania buntu Yue pod przywództwem sióstr Zheng Ce i Zheng Er (wiet. Trưng Trắc i Trưng Nhị), który wybuchł w komanderii Jiaozhi, w delcie Rzeki Czerwonej. To właśnie wtedy Ma Yuan miał otrzymać tytuł Generała uspokajającego fale (伏波將軍, Fubo Jiangjun), pod którym przeszedł do historii Azji Południowo-Wschodniej.