Doświadczenia zebrane podczas używania odmiany seryjnej pozwoliły na dokonanie kolejnych modyfikacji szybowca. Poprawiono szczelność kabiny, zamontowano pod kadłubem kółko ułatwiające manewrowanie szybowcem na ziemi, usztywniono napęd hamulców aerodynamicznych, poprawiono zamontowanie usterzenia wysokości. Tak zmodyfikowany szybowiec otrzymał oznaczenie IS Mucha-ter i 10 października 1950 roku po raz pierwszy wzbiła się w powietrze (egzemplarz o numerze SP-1046). Na przełomie lat 1951/1952 Dział Wytrzymałościowo-Konstrukcyjny Instytutu Lotnictwa po przeprowadzeniu kontroli obliczeń, prób statycznych skrzydła i kadłuba oraz przeprowadzonych prób technicznych i badań w locie szybowca seryjnego IS-2 Mucha-ter wydał orzeczenie co do zdatności szybowca do lotu. Stwierdzono, że szybowiec IS-2 Mucha-ter po usunięciu wymienionych usterek spełnia wymagania wytrzymałościowe i sprawnościowe oraz nadaje się do wykonywania lotów treningowych i wyczynowych. Łącznie wyprodukowano jeden prototyp, 20 Much-bis i 116 Much-ter. Jeden egzemplarz Muchy-ter (SP-1000) przekazano do NRD. Szybowce produkowano w zakładach w Jeżowie, Poznaniu, Gdańsku i Łodzi.