Początkowo chrześcijanie byli tolerowani i zezwalano im na prace misyjną i wyznawanie swojej wiary. Jednak pod koniec XIII wieku Ilchanidzi, mongolscy władcy Persji, przyjęli islam sunnicki. Liczba chrześcijan na terenach pod ich panowaniem, stopniowo zaczęła się zmniejszać. Chrześcijanie zaczęli zamykać się w swoich społecznościach, izolując się od reszty społeczeństwa, czemu sprzyjała odrębność językowa (posługiwali się na co dzień aramejskim lub ormiańskim, a nie perskim czy arabskim).
Ogromnym ciosem dla chrześcijan na tych terenach było panowanie Timura (1360–1405), który, chcąc zjednać sobie muzułmanów sunnickich, często dokonywał masakr innowierców. W czasie najazdów na Persję i późniejszych kampanii Timura zginęło wielu chrześcijan w całej Azji.
W 1445 część chrześcijan perskich, używających języka aramejskiego, weszła w unię z kościołem rzymskokatolickim. Ta grupa w 1553, wraz z konsekracją Jana Sulagi na chaldejskiego patriarchę Babilonu, stała się odrębnym kościołem – kościołem chaldejskim. Ci którzy nie uznali unii, funkcjonują do dziś pod nazwą Asyryjskiego Kościoła Wschodu. Wyznawcy obydwu kościołów nie są dziś zbyt liczni w Iranie. Wśród irańskich chrześcijan dominują Ormianie.