Prześladowania ustały na początku V wieku, za rządów Jezdegerda I, który w 409 roku zawarł pokój ze wschodnim cesarstwem. Był przychylny chrześcijanom, pomagał in nawet w odbudowie, zniszczonych za rządów Szapura II, kościołów. Aby uwolnić się od możliwych wpływów Rzymu na chrześcijan perskich, zdecydowano się na utworzenie oddzielnej organizacji kościelnej. Od czasów biskupa Seleucji i Ktezyfonu, Mar Papy (310–329) kościół perski miał swego katolikosa. W 410 roku Mar Izaak połączył diecezje perskie w jedną prowincję kościelną. W 422 roku perscy biskupi ogłosili podległy im kościół niezależnym od zwierzchnictwa Rzymu i Konstantynopola. W 424 roku katolikosa Dadiszu ogłoszono patriarchą kościoła perskiego, zrywając tym samym jakiekolwiek zależności od kościoła zachodniego.