Okres po II wojnie światowej Wybuch II wojny światowej w 1939 r. po raz kolejny przerwał kursowanie pociągu. Połączenie wznowiono dopiero w 1945 r., jednak z ominięciem Aten, ponieważ trasa przebiegała przez Jugosławię, której granice były zamknięte. Ponowne otwarcie trasy do Aten nastąpiło dopiero w 1951 r. W tym samym roku z powodu konfliktu Bułgarii z Turcją i zamknięcia granicy pomiędzy tymi państwami wstrzymane zostało na rok kursowanie Orient Expressu do Stambułu. Kolejną przeszkodą była żelazna kurtyna. Trwająca zimna wojna bardzo utrudniała kursowanie pociągu, lecz nigdy definitywnie jej nie przerwała. Państwa komunistyczne zgodnie ze swoimi rozporządzeniami zmieniały oryginalne wagony Wagons-Lits na swój skład, w związku z tym trudno mówić o kursowaniu oryginalnego Orient Expressu. Jednak w latach 50. XX w. pociąg kursował regularnie z Paryża do Stambułu i Aten trzy razy w tygodniu.
W 1962 roku wstrzymane zostały definitywnie dwa z trzech połączeń. Jedynym ciągle kursującym pociągiem był Simplon Orient Express, który został zamieniony w wolniejsze połączenie nazwane Direct Orient Express. W 1971 roku Wagons-Lits Company wstrzymała produkcję nowych wagonów, a istniejące składy sprzedała przewoźnikom narodowym.