Zdecydowana większość rzek to rzeki okresowe, których koryta wypełniają się wodą tylko w czasie deszczów. W północnej części kraju występują suche uedy, którymi raz na kilka lat płynie woda. Występują tam głównie rzeki epizodyczne, których większość w okresie deszczów uchodzi do Zatoki Adeńskiej, a pozostałe do Oceanu Indyjskiego. W Somalii nie ma jezior, ani obszarów bagiennych. Jedyne niewielkie obszarowo podmokłe tereny występują w dolinach rzek Uebi Szebelie i Dżuby.
Brak wód powierzchniowych spowodowanych suchością klimatu i częstymi katastrofalnymi suszami sprawia, że kraj ten cierpi na duży niedostatek wody pitnej.
Gleby Gleby w Somalii są ubogie, większa część kraju pokryta jest piaszczystymi yernosolami. Wiele terenów na północy zajętych jest przez powierzchnie wydmowe i żwirowe, oraz góry, na których nie ma warstwy glebowej. Jedynie na południu występują wertisole, które także cechują się niskim poziomem żyzności. Są one poddawane procesom erozji wywołanej przez zmienny cykl opadowy.