Na południu średnia roczna wysokość opadów wynosi około 700 mm. Północ kraju otrzymuje jedynie 50 mm. W samej stolicy te wartości ledwie osiągają 500 mm, utrzymując się średnio na poziomie 430 mm. Jest to główna poza wojną przyczyna ubóstwa kraju i wysokiej śmiertelności. Wielu ludzi żyje bez dostępu do bieżącej wody.
Termicznie Somalia jest zaliczana do krajów o klimacie gorącym – średnia temperatura roczna nie spada poniżej 15 °C. Wyjątek mogą stanowić wyższe partie gór, gdzie zimą temperatury mogą spadać poniżej 10 °C. Generalnie jest wszędzie gorąco przez cały rok, a na północy upalnie. Północna część kraju w najchłodniejszym miesiącu lutym cechuje się temperaturami rzędu 25 °C, w sierpniu około 30 °C, przy czym w ciągu dnia występują upały ponad 40 °C. Na południu jest nieco łagodniej. Izotermy mają przebieg zbliżony do równikowego.
Wody mały|250px|Rzeka Dżuba Sieć rzeczna kraju jest słabo rozwinięta ze względu na suchy klimat. Występują dwie główne rzeki stałe – Dżuba i Uebi Szebelie, które biorą swój początek na Wyżynie Abisyńskiej i dzięki temu nie wysychają. Somalia leży w obszarze zlewiska Oceanu Indyjskiego i częściowo Zatoki Adeńskiej.