Wody Malawi należy do zlewiska Oceanu Indyjskiego. Sieć rzeczna jest dość zasobna, wszystkie rzeki w północnej i centralnej części kraju uchodzą do jeziora Niasa zwanego też Malawi. Jezioro to poprzez leżące dalej na południu Malombe odwadniane jest przez rzekę Zambezi, do której uchodzi rzeka Shire, sama zaś wypływa z jeziora Malombe.
Jedyne jezioro w kraju: Chilwa o powierzchni 1240 km², należy do dorzecza Rio Lurio. Sąsiadujące z nim Chiuta o powierzchni 520 km² należy do dorzecza Rovumy, gdzie ta uchodzi do Oceanu Indyjskiego.
Jezioro Niasa jest największym jeziorem Malawi, jednak leży ono na terytorium dwóch innych państw: Mozambiku na południu i Tanzanii na północny. Niasa liczy 30,8 tysiąca km², a jego głębokość wynosi średnio 600 m, maksymalna to 706 m.
Gleby W Malawi dominują gleby ferralitowe, a w szczególności na równinie Lilongwe. Czerwone nitosole występują na południowych płaskowyżach. W dolinie Shire występują fluwisole zwane madami. thumb|400px|left|Las tropikalny w północnym Malawi