Klimat Malawi leży w strefie klimatu podrównikowego o suchej odmianie, jedynie południowe krańce są wilgotniejsze. W górach Mlandżi występują piętra klimatyczne. Klimat Malawi charakteryzuje się dwiema termicznymi porami roku: chłodną od maja do sierpnia i gorącą od września do listopada, te oba okresy zaliczane są do pory suchej. Natomiast pora deszczowa trwa przeciętnie od listopada do kwietnia. W tymże okresie spada niemalże 90% wszystkich rocznych opadów.
Ukształtowanie terenu sprawia, że klimat jest zróżnicowany i posiada w wielu miejscach górskie odmiany. Są one mniej lub bardziej chłodne, dotyczy to zwłaszcza najwyżej położonych w kraju gór Mlandżi. W tych górach opady są bardzo obfite w stosunku do całego kraju i wynoszą średnio 2500 mm. Także temperatury są niskie, nie przekraczają w najwyższych partiach gór 15 °C.
Średnie opady w kraju wynoszą od 750 mm w dolinach do 1500 mm na płaskowyżach. Temperatury zaś układają się od około 20 °C w lipcu do 30 °C w październiku. Im wyżej tym jest chłodniej. Na płaskowyżach w najzimniejszym okresie roku te wartości wynoszą średnio od 14 do 16 °C. W najgorętszym okresie średnie temperatury wynoszą od 22 do 24 °C.