12 listopada 2009 generał Fonseka zrezygnował ze stanowiska Szefa Sztabu Obrony i złożył dymisję na ręce prezydenta Mahindy Rajapakse. Przyczyną ustąpienia był konflikt z prezydentem wokół wkładu i zasług obu stron w zakończenie wojny domowej na Sri Lance. Prezydent przyjął dymisję. Według komentarzy, rezygnacja Fonseki miała stanowić pierwszy krok do starań i walki o prezydenturę kraju. Pierwotnie chciał, by jego dymisja weszła w życie z dniem 1 grudnia 2009, jednakże administracja prezydenta zaleciła mu niezwłocznie opuszczenie urzędu i 16 listopada 2009 mianowała jego następcę na stanowisku.
Działalność polityczna Po opuszczenia stanowisk wojskowych, Fonseka rozważał udział w rozpisanych przez prezydenta Rajapakse wcześniejszych wyborach prezydenckich w 2010 i ostatecznie 29 listopada 2009 zdecydował się na start. W swoim przemówieniu skrytykował rząd za ograniczanie wolności i mediów oraz przeciąganie procesu asymilacji uchodźców wojennych. Stwierdził, że władze nie potrafiły przywrócić normalności w kraju. Zobowiązał się do zreformowania uprawnień wykonawczych głowy państwa w ciągu sześciu miesięcy, przeprowadzenia wyborów parlamentarnych i uchwalenia nowej konstytucji, gwarantującej zasady demokracji, sprawiedliwości społecznej i wolności mediów.